2003年7月1日、商船三井グループの内航部門における海運事業再編の一環としてナビックス内航（株）と商船三井フェリー（株）不定期船部門が経営の合理化、営業基盤の拡大・強化を目指して事業を統合し社名を商船三井内航に改めました。